"تدور الأحداث بعد 7 سنوات من أحداث الحلقة الأخيرة من يوغي يو! (أي بعد ذهاب الفرعون) عن أكاديمية المبارزة التابعة لمؤسسة كايبا حيث تستقبل الأكاديمية في كل عام الطلاب لتعليمهم المبارزة وكل شيءٍ عنها، وفي هذا العام يقرر بطل القصة جايدن الالتحاق بالأكاديمية وفي طريقه يلتقي ببطل العالم للمبارزة يوغي موتو وعندها يعطي يوغي بطاقة كوريبو المجنح لجايدن فتصبح بطاقته المفضلة…
